Die Geschichte der Protestanten in Lyon ist tiefgreifend und verbunden mit dem Wandel der Stadt selbst. Im 16. Zeitalter erlebte Lyon eine Blüte des Calvinismus, wobei zahlreiche Händler und geistige Persönlichkeiten sich dem neuen Bekenntnis zuwandten. Diese anfängliche Präsenz führte zu einer aktiven reformierten Versammlung, die jedoch auc